प्रिज़न ब्रेक सीज़न 1 की कहानी माइकल बेलो (वेंटवर्थ मिलर) के इर्द-गिर्द घूमती है, जो एक इंजीनियर है और अपने भाई लिंकन बेलो (डोमिनिक पर्सेल) को बचाने के लिए एक योजना बनाता है, जिसे हत्या के आरोप में फांसी की सजा सुनाई गई है। माइकल को लगता है कि लिंकन निर्दोष है, और वह उसे बचाने के लिए जेल से भागने की योजना बनाता है।